У меня был случай, подобный тому, который вы упомянули: мне нужно было запустить сеялку на базе данных MySQL во время модульного теста, поэтому я выполнил следующие шаги:

ШАГ 1. Расширение Phinx\Db\Adapter\MysqlAdapter для приема существующего PDO-соединения*

namespace Tests
use Phinx\Db\Adapter\MysqlAdapter;

class TestAdapter extends MysqlAdapter
{
    public function __construct(\PDO