Duplicación de paquetes por directorios:
Los paquetes Java se asignan a directorios en el sistema de archivos.

Tres formas en que Java Runtime encuentra paquetes:
Directorio de trabajo actual: el sistema de ejecución utiliza el directorio de trabajo como punto de partida. Si el paquete está en un subdirectorio del directorio actual, se encontrará.
Variable CLASSPATH: puede configurar la variable de entorno CLASSPATH para incluir la ruta del paquete.
Opción -classpath: utilice las opciones -classpath con los comandos java y javac para especificar la ruta de clase al compilar y ejecutar el programa.

Ejemplo de paquete:
paquete mipack;

Para que el programa encuentre el paquete mypack, una de las siguientes condiciones debe ser verdadera:
El programa se ejecuta desde un directorio encima de mypack.
CLASSPATH incluye la ruta de mypack.
La opción -classpath se utiliza para especificar la ruta de mypack.

Recomendación para organizar directorios:
Mantenga todos los archivos .java y .class relacionados con el paquete en el directorio correspondiente al paquete.
Compile los archivos del directorio encima del paquete.

Código de ejemplo y ejecución
Estructura del directorio:

src/
  mypack/
    MyClass.java
  Main.java

1. Definición del paquete (mypack/MyClass.java):

package mypack;

public class MyClass {
    public void displayMessage() {
        System.out.println("Pacote mypack encontrado!");
    }
}

1. Usando la clase de paquete (Main.java):

import mypack.MyClass;  // Importando a classe do pacote mypack

public class Main {
    public static void main(String[] args) {
        MyClass myClass = new MyClass();  // Criando uma instância de MyClass
        myClass.displayMessage();  // Chamando o método
    }
}

Compilación y ejecución

1. Compilando los archivos Desde el directorio mypack anterior, compila con:

javac mypack/MyClass.java Main.java

1. Ejecutando el programa Ejecute el programa desde el directorio de trabajo actual o especifique -classpath:

java Main

o

java -classpath . Main

Explicación:
Directorio de trabajo actual: si el directorio actual está encima de mypack, se encontrará el paquete.
CLASSPATH: se puede configurar para incluir el directorio mypack.
Opción -classpath: se puede utilizar para indicar la ruta de mypack durante la ejecución.

Salida del programa:

Pacote mypack encontrado!